מכון פסגות הוקם בשנת 1989 ע"י קבוצת אנשי מקצוע מתחום בריאות הנפש ששמו להם כמטרה לקדם וליישם שיטות טיפול יעילות. המכון פועל במרכז ת"א ובשנת 2000 הוקמה מכללת מכון פסגות.
בשנת הלימודים 2010-2011 תפתח תוכנית ללימודי תעודה בטיפול "התנהגותי קוגניטיבי" בחסות הקריה האקדמאית אונו (ביה"ס למדעי הבריאות). התוכנית בתהליך הכרה לגמול השתלמות.
בנוסף יפתחו שם תוכניות הכשרה ייחודיות במסלול "פארה מטפל", וישנם מסלולים מודולרים להכשרת סמך מקצועיים וחונכים עפ"י הגישה ההתנהגותית קוגניטיבית.
בשנת 2000 המכון פתח תוכנית להכשרת אנשי מקצוע בתחום הטיפול הקוגניטיבי- התנהגותי, עבור מטפלי המכון.
בשנת 2002 פתח המכון יחד עם מכון מגיד (מיסודה של האוניברסיטה העברית) את שלוחת ת"א ללימודי תעודה "בפסיכותרפיה התנהגותית קוגניטיבית", צוות המכון הגה ופיתח את תוכנית הלימוד, שימש כמנהל אקדמי ולימד בשני מחזורים.
בשנת 2004 חבר צוות המכון לשלוחת אוניברסיטת דרבי ישראל. הצוות היה אחראי על הניהול אקדמי וצוות ההוראה בתוכנית הכשרת מטפלים ללימודי מוסמך "בפסיכותרפיה קוגניטיבית- התנהגותית".
לצורך התוכנית צוות המכון פתח מסלולי פרקטיקום לדוגמא במסגרות פסיכיאטריות מובילות, שירות מבחן, קידום נוער וכו'. וכמו כן, ריכז את הסמינרים הקליניים שתמכו בפרקטיקום.
לאורך השנים צוות המכון מעביר הכשרת מטפלים השתלמויות מרוכזות וקורסים שנתיים לארגוניים.
בנוסף, מתקיימים במכון קבוצות הדרכה לאנשי מקצוע מתמחים ומתקדמים בCBT.